LGN0215 Genética

Informática na Genética

Aula dos monitores:

Cristiane Taniguti e Fernando Espolador

23 de novembro de 2017

Onde se aplica?

  • Discorrer diversos assuntos da disciplina e destacar “dados” como sendo algo em comum
  • Calculadora e Excel

A realidade atual e o futuro

Demandas na área de Genética e Melhoramento

  • Tecnologias de sequenciamento
  • Seq

A realidade atual e o futuro

Demandas na área de Genética e Melhoramento

  • Plataformas de fenotipagem
  • Pheno

Demanda por automatização

Trabalhar para não precisar trabalhar mais e poder se ocupar com outras coisas

A realidade atual e o futuro

Divergência entre capacidade tecnológicas e aplicação

You Should Learn to Program: Christian Genco at TEDxSMU

  • Apollo Guidance Computer (1961) x 1 milhão = Smartphone (hoje)

Apolo

Linguagem de programação

Nível de abstração das linguagens

  • Mais baixo o nível, mais liberdades e mais difícil a aprendizagem

Seq

Linguagem de Programação R Icon

Curva de aprendizagem

curva

Linguagem de Programação R Icon

Lidar com frustrações

Frust

Linguagem de Programação R Icon

Incentivo à lógica de programação

Hour of Code

R Icon

Scratch

Coursera

Khan academy

Code academy

Code school

edX

Linguagem de Programação

Dentre todas, por que o R?

IEEE

Tiobe

Texto sobre no R-bloggers

Linguagem de Programação

Dentre todas, por que o R?

Tiobe others

O que é o R?

Ambiente Estatístico

Funcionalidades básicas flexíveis

  • Infinitas combinações

Extensível (pacotes):

Algumas capacidades

  • Compatibilidade com qualquer plataforma
  • Várias possibilidades de manipulação de dados
  • Processamento rápido
  • Lida bem com Big Data
  • Automação e reprodutibilidade
  • Relatórios e Apresentações (inclusive esta e as próximas)
  • Estado da arte em gráficos ( belos exemplos )

R Icon

Linguagem de Programação

Materiais disponíveis para aprendizagem de R

Algumas sugestões:

Software Livre R Icon

Free Software Foundation’s GNU general license:

  • Rodar o programa para qualquer propósito
  • Estudar como o programa funciona e adaptar isso aos seus interesses
  • Distribuir cópias
  • Aprimorar o programa e liberar para a comunidade acesso ao código fonte

Software Livre Github

Poder da mentalidade colaborativa: Github

Tutorial sobre o git